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 以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。

在社交网络上伪装女性，用话术诱骗无亲无故的男性套取个人信息，从事户籍买卖的拓也（北村匠海 饰）和守（林裕太 饰），自幼在恶劣环境中长大，不知不觉已成为黑道组织的爪牙。                                                                      　　尽管涉足灰色产业，这两个时常插科打诨的年轻人，本质上只是普通的都市青年，彼此相依为命。当拓也在黑道引路人、犹如兄长般存在的梶谷（绫野刚 饰）的协助下，决心与守一同逃离这个黑暗世界时，等待他们的却是......

　　少女幸子（宫崎葵饰）和老师的师生恋绯闻被传得风风雨雨，相依为命的母亲稔子（Ryo饰）则自杀未遂。打击不断的生活令幸子无法承受，升入中学后，她不去上学，每天闲逛打发时间。她和依靠小偷小摸赚钱的少年隆夫、精神脆弱的中年人久蔵成为了朋友。隆夫离开后，幸子和好友夏子（苍井优饰）返回了学校。　　不久后，她又差点被母亲的新欢德川强暴。谣言又起，幸子失望地离开学校。昔日的老师恋人现在发电所工作，幸子准备去他那里。然而在约定的小茶店里等了很久，他还是没有出现。灰心的幸子跟一个前来搭讪的男子离开茶店……

省公安厅夏丹调查表弟吸毒致死案，发现背后涉及跨境贩毒集团。她与香港警察卡龙合作卧底，接触头目冷月及其上级李绍远。警方通过技术手段锁定国际毒贩托妮，为取得对方信任，夏丹不得不当着毒贩们的面当场将卡龙击毙……